Physical Modeling of Protein Folding

University dissertation from Department of Theoretical Physics, Lund University

Author: Stefan Wallin; Lunds Universitet.; Lund University.; [2003]

Keywords: NATURVETENSKAP; NATURAL SCIENCES; relativity; quantum mechanics; classical mechanics; three-helix bundle; similarity measure; Mathematical and general theoretical physics; protein dynamics; protein folding; two-state; Matematisk och allmän teoretisk fysik; thermodynamics; statistical physics; gravitation; klassisk mekanik; kvantmekanik; relativitet; statistisk fysik; termodynamik; Fysicumarkivet A:2003:Wallin;

Abstract: Popular Abstract in Swedish Sekvensbaserade proteinveckningsmodeller utvecklas och testas på peptider med både betablad- och alfahelix-struktur, samt på små helix-proteiner. Modellernas potentialer är minimalistiska och baseras huvudsakligen på vätebindningar och effektiva hydrofobicitetskrafter. Den geometriska representationen av proteinkedjan är däremot detaljerad. Vi studerar det termodynamiska uppförandet med hjälp av effektiva Monte Carlo-metoder, och lägger tyngdpunkten på att uppnå en realistisk fysikalisk beskrivning av veckningsprocessen. Vi undersöker speciellt dynamiska aspekter av veckningen, som till exempel tvåtillståndsuppförande och bildandet av sekundärstruktur. I avhandlingen ingår dessutom ett arbete om likhetsmått för proteinstrukturer.

  This dissertation MIGHT be available in PDF-format. Check this page to see if it is available for download.