Epigenetic and Phenotypic Profiling of Urothelial Carcinoma

Abstract: Popular Abstract in Swedish Epigenetik handlar om hur avläsning av informationen i arvsmassan kan styras och nedärvas mellan cellgenerationer. Förmågan att kunna ändra genuttrycksmönster som svar på signaler från omgivningen och sedan bibehålla dessa genom efterföljande celldelningar ligger till grund för korrekt funktion av vävnaderna och organen som våra kroppar är uppbyggda av. Samtliga sjukdomstillstånd har sin grund i en dysfunktion i samspelet mellan enskilda celler och vävnadskontexten de normalt uppfyller en roll i. Tydligast är detta i cancer som i grund och botten är en sjukdom karaktäriserad av ett successivt mer dereglerat samspel mellan de maligna cellerna och den normala vävnaden. I mitt avhandlingsarbete har jag undersökt det epigenetiska landskapet i blåscancertumörer genom att studera förändringar i DNA-metyleringsmönster. DNA-metylering är en kemisk modifikation som leder till bestående förändringar i läsbarheten av information i arvsmassan. Förändrade DNA-metyleringsmönster är starkt förknippade med tumörutveckling även om man ofta inte vet exakt vilka konsekvenser en given förändring har på cellnivå. En välkänd effekt av förhöjda DNA-metyleringsnivåer vid startpunkter för genavläsning, s.k. promotorer, är nedstängning av genen. Genom att metylera promotorer för gener med t.ex. en tillväxthämmande funktion kan tumörcellerna öka sin tillväxtpotential. Våra studier har utgått ifrån blåscancertumörer från patienter behandlade för sin sjukdom inom Region Skåne. Studierna har främst varit fokuserade på att kartlägga storskaliga förändringar i DNA-metyleringsmönster för att kunna definiera specifika patientpopulationer med distinkta metyleringsprofiler och undersöka de underliggande molekylära förändringarna som ligger till grund för sjukdomen. Genom våra studier har vi visat att det är möjligt att stratifiera patienters tumörer baserat på metyleringsmönster och att dessa i sin tur är kopplade till landskapet av uttryckta gener hos tumören. Genom att kartlägga molekylära förändringar i tumörer på flera olika nivåer hoppas vi kunna förstå sjukdomen samt dess uppkomst bättre och därmed kunna verka för en förbättrad riskstratifiering av patienter samt för att i förlängningen hitta nya behandlingsalternativ.