Chemical labelling methods for gel free based proteomics
Abstract: Popular Abstract in Swedish I den här avhandlingen behandlas olika aspekter av gelfria metoder för proteomanalys med masspektrometri, med tonvikt på inmärkningsmetoder. Arbetet är baserat på tre artiklar, där olika effekter vid inmärkning på peptider utreds, samt framtagningen av en ny typ av inmärkningsstrategi beskrivs. Kemisk inmärkning har haft stor betydelse för peptidbaserad proteomik eftersom detta tillvägagångssätt möjliggör att olika eftersökta egenskaper kan tillföras på peptiderna. Ett exempel är möjligheten att förbättra joniseringsförmågan av peptider genom att förse dem med en modifiering som lätt kan protoneras. Genom strategisk placering av en sådan modifiering kan joniseringen av olika fragment vid MS/MS analys påverkas. De fragment som bär på inmärkningen är fördelaktiga för jonisering, och därmed erhålls förenklade fragmenteringsspektra som underlättar tolkningen av dessa vid sekvensering. I den här avhandlingen har effekterna av en sort av denna inmärkning utvärderats med en ny typ av masspektrometer. En av de viktigaste tillämpningarna med kemisk inmärkning är dock möjligheten att generera motsvarande isotopa peptider, vilket möjliggör kvantifiering av komponenterna i ett prov. Flera olika metoder för att åstadkomma detta med olika typer av inmärkningar, har, och är under utveckling. Metoden ?Parent Ion Quantitation Scanning? (PIQS) vars framtagning beskrivs i denna avhandling, utvecklades med målsättningen att åstadkomma en mer effektiv, översiktlig analys av mängden uttryckta proteiner vid jämförelse mellan prov. Metoden konstruerades för att endast välja ut proteiner som skiljer sig i proteinmängd mellan två prov för analys. Med detta tillvägagångssätt minskas den enorma mängd data som ofta genereras, och endast relevant information filtreras ut.
CLICK HERE TO DOWNLOAD THE WHOLE DISSERTATION. (in PDF format)