Genome-wide structural and functional protein characterization by ab initio protein structure prediction

Abstract: Popular Abstract in Swedish Många av alla kemiska processer som pågår i våra kroppar utförs av proteiner. När de inte fungerar blir vi sjuka. I vissa fall, till exempel vid Alzheimers sjukdom eller Creutzfeld Jacobs sjukdom, beror det på att ett visst protein har fel form. Att förstå hur proteiner antar sin slutliga form och vad det har för inverkan på proteinets funktion är således viktigt. År 2005 kostade det mellan en och ett par miljoner att mäta formen på ett enda protein på grund av att utrustning är dyr och det krävs mycket arbete. På sextiotalet upptäckte Ryle att proteiner verkar ha en ritning för vilken form de antar inbyggt i ordningen på aminosyrorna, proteinernas byggstenar. Sedan dess har det lagts ner mycket tid på att försöka förstå och kunna förutspå vilken form ett protein får när man bara vet ordningen på amino syrorna. Under de senaste tio åren har teknologin blivit bättre. I detta arbete har jag användt mig av Rosetta, ett mjukvaroprogram, som utvecklas av David Baker vid University of Washington. Rosetta kan förutsäga vilken form ett protein har utifrån ordningen av aminosyrorna. Genom att använda Rosetta på alla proteiner i jäst och kombinera resultatet med information både från experimentella tekniker och databaser har vi lyckats öka förståelsen för hur jäst fungerar och vad styrkorna och svagheterna är med den teknologi som vi utvecklat. Förhoppningen är att denna information leder till en ökad förståelse i biologin som helhet.