Thermodynamics of Protein Folding and Design

University dissertation from Theoretical Physics, Lund University, Sölvegatan 14A, 223 62 Lund, Sweden

Author: Erik Sandelin; Lunds Universitet.; Lund University.; [2000]

Keywords: NATURVETENSKAP; NATURAL SCIENCES; protein folding; hydrophobicity; Monte Carlo; sequence analysis; sequence assembly; shotgun sequencing; Mathematical and general theoretical physics; classical mechanics; quantum mechanics; relativity; gravitation; statistical physics; Matematisk och allmän teoretisk fysik; thermodynamics; termodynamik; Fysicumarkivet A:2000:Sandelin; statistisk fysik; relativitet; protein design; klassisk mekanik; kvantmekanik;

Abstract: Popular Abstract in Swedish Proteinvecknings- och proteindesign-problemen studeras med hjälp av modeller med låg upplösning och endast två typer av aminosyror, hydrofoba och hydrofila. Förutom hydrofoba krafter innehåller modellerna sekvensoberoende lokal växelverkan som visar sig ha stor påverkan på termodynamiken hos dessa modeller. Modellerna studeras med hjälp av dynamisk-parameter Monte Carlo-metoden. Vi utvecklar en Monte Carlo-algoritm för proteindesign baserad på denna metod. Vi testar också metodens användbarhet för ett annat svårt problem i beräkningsbiologi, sekvensrekonstruerings- problemet. Till sist studerar vi den statistiska fördelningen av hydrofobicitet, hos verkliga proteiner såväl som modellproteiner.

  This dissertation MIGHT be available in PDF-format. Check this page to see if it is available for download.